1.设备成本高昂：离子注入设备价格昂贵，单台成本超过千万美元，这在一定程度上限制了其大规模应用，对企业的资金投入要求较高。

2.造成晶格损伤：在高真空环境下，通过电场加速形成的高能离子束轰击硅片表面，会对半导体晶格结构造成损伤，影响硅片原本的性能结构。

3.需后续处理：由于晶格结构受损，离子注入后通常需要进行后续退火处理，通过高温修复受损的晶格结构，并激活杂质原子，增加了工艺流程和处理成本 。

4.掺杂效率受限：尽管离子注入能精确控制掺杂浓度和深度，但高能离子束的引入方式使得掺杂效率在某些复杂结构或大规模掺杂需求下存在一定局限性，难以满足一些特殊场景下快速高效的掺杂要求。